بعد انهيار النظام في أبريل 2003، عمّت الفوضى أرجاء العراق، خاصة في مدينة النجف الأشرف، فقُتل نجل السيد الخوئي، السيد عبد المجيد، أثناء عودته من المنفى، وتعرضت المؤسسات الحكومية للنهب والحرق، وحدثت أعمال انتقامية وصدامات مسلحة.

في خضم هذه الفوضى، برز دور السيد السيستاني كمرجع ديني يسعى إلى تهدئة الأوضاع وحماية المدنيين. وبالفعل، أصدر مكتبه عدة بيانات حث فيها العراقيين على تجنب أعمال النهب والعنف، محملاً قوات الاحتلال مسؤولية الحفاظ على الأمن والاستقرار، باعتبارها السلطة الفعلية المسيطرة في البلاد.