ووجهت المرجعية الدينية العليا في النجف الاشرف إدانة صريحة لرأس السلطة في العراق (عبد السلام عارف) الذي قام بجولة الى انحاء العراق ومنها النجف الاشرف في نيسان 1964م، فرفض السيد الحكيم وعدد من المراجع الآخرين استقباله، مما ولد عنده امتعاضاً وغضباً لخطوة المرجعية التي عدها إهانة له. وأذاعت المرجعية بياناً طالبت فيه الحكومة بنبذ السياسية الطائفية وعدم التعامل مع المواطنين على أنهم صنفان، وفتح أبواب الكليات العسكرية والأركان للعرب الشيعة أسوة بأقرانهم الآخرين، ولفتت نظر المسؤولين عن الحكم "هو أننا كمسلمين لا نؤمن بالطائفية والعنصرية أساسًا للحكم في هذا البلد، ولهذا تجدنا نطالب بتحقيق المساواة والعدالة الاجتماعية بين أفراد المسلمين على أساس من الإسلام دون تمييز لفئة على حساب أخرى، أو طائفة على حساب أخرى، ونؤكد أن سياسية التمييز الطائفي والعنصري هي سياسة الدمار والانهيار لمجموعة أفراد الأمة".

أدى عدم تنفيذ مطالب المرجعية وهي مطالب الشعب إلى اتساع هوة الخلاف بين المرجع الأعلى و(رئيس الجمهورية)، انتهت بالقطيعة، على الرغم بعض المحاولات لتلافي هذا الوضع من خلال زيارة رئيس الوزراء عبد الرحمن البزاز (1913م – 1973م) للسيد المرجع لكنها لم تحقق أهدافها حتى نهاية حكم الرئيس عبد السلام عارف عام (1966م).

ولم يقتصر أمر التصدي للممارسات الطائفية المتطرفة تجاه أكثرية الشعب العراقي على مرجعية السيد الحكيم، بل سانده مرجع آخر هو السيد محمد الحسني البغدادي الذي أصدر بياناً مهماً هاجم في السلطة، وأشبعها تعنيفاً وتقريعاً، وشبه أعمالها بأعمال "المشركين" الذين يريدون القضاء على الدين وإطفاء نور الإسلام. وناشد الجميع (سنة وشيعة) بعدم اتخاذ أية خطة من شأنها إثارة الطرف الآخر. وأفشل مخططاً حكومياً لاختراق صف الحوزة المجاهدة بتقديمها مخصصات مالية كبيرة كرواتب شهرية بوزعها على طلاب العلم، لكنه رفضها رفضا قاطعاً، بوصفها أموالاً مشبوهة وباطلة رغم الظروف الصعبة التي بمر بها.

المصدر موسوعة فتوى الدفاع الكفائي الجزء 3 ص 227