ارتبطت جمعة الصندوق الخيري الإسلامي (1959–1963) بمرحلة حسّاسة من تاريخ العراق الحديث، حين واجه المجتمع خطر المدّ الشيوعي واتساع تأثيره بين الشباب والطلبة. وفي تلك الظروف، نهضت المرجعية الدينية العليا ممثلة بالمرجع السيد محسن الحكيم (قدس سره) بمسؤوليتها الشرعية والاجتماعية، فدعمت خطوات استراتيجية لتحصين الأمة فكريًا وثقافيًا.

كانت جمعية الصندوق الخيري الإسلامي إحدى أبرز تلك المبادرات؛ فقد أسهمت، بدعم مباشر من المرجعية، في إنشاء شبكة تعليمية رائدة ضمّت مدارس الكاظم والجواد والزهراء، إضافة إلى كلية أصول الدين. وقد تبنّت هذه المؤسسات مناهج تربوية إسلامية أصيلة تجمع بين الدراسة الأكاديمية الحديثة والوعي الديني الصحيح، الأمر الذي جعلها سدًا ثقافيًا في وجه التيارات الفكرية المنحرفة.

ولإسناد هذا المشروع، أصدر السيد الحكيم فتوى تُجيز صرف جزء من أموال الخمس على نشاطات الجمعية ومراكزها التثقيفية، تقديرًا لدورها في حماية الهوية الإسلامية.

كما دعمت المرجعية الحركة الفكرية الإسلامية من خلال تشجيع المؤلفين والباحثين، فكانت تشتري نسبة من مؤلفاتهم أو تموّل طباعة كتبهم، وأسهمت في استمرار مجلات وصحف إسلامية مهمّة مثل الأضواء، الإيمان، رسالة الإسلام، الحرية، الفيحاء، لتعزيز الوعي ومواجهة الفكر الإلحادي بالمعرفة والحجّة.

وبذلك أصبحت جمعية الصندوق الخيري الإسلامي نموذجًا متقدّمًا لتكامل الجهد المرجعي مع المؤسسات الثقافية في مرحلة تاريخية مفصلية بين عامي 1959 و1963، وأحد أهم المشاريع التي أسهمت في ترسيخ الهوية والقيم الإسلامية في المجتمع العراقي.