شهد العراق في 8 شباط 1963 انقلابًا عسكريًا قاده حزب البعث العربي الاشتراكي، حيث استولى على السلطة وأطلق حملة قمع ضد معارضيه ونجحت بعض العناصر العسكرية في الجيش من تشكيل مجلسا لقيادة البلاد كان معظم أعضائه من البعثين، في هذه الظروف العصيبة  برزت المرجعية الدينية كصوت متميز في مواجهة هذا المد البعثي، حيث لعبت دورًا حاسمًا في توجيه الرأي العام وإحباط محاولات النظام لتفكيك البنية الاجتماعية والسياسية للمجتمع العراقي، فيما تجسدت مواقف المرجعية في دعواتها المستمرة للحفاظ على القيم الإنسانية والدينية، وتأكيدها على أهمية الوحدة والتضامن بين فئات المجتمع. كما قامت بإصدار بيانات تدعو إلى مقاومة الظلم والفساد الذي أقره النظام الجديد، مما أضفى شرعية على حركة المعارضة الشعبية. ذكرت بعض المصادر التاريخية أن المرجعية الدينية أسْهَمَتْ بشكل أو بآخر في إسقاط الحكم السابق، سواء عبر الفتاوى التي استهدفت مناصريه، أو باتباع أسلوب التحريض أو المقاطعة وعدم استقبال ممثليه من السلطة)، لكنها في الوقت نفسه اتخذت في البداية موقف الحذر والترقب تجاه الحكم الجديد،

تعتبر مواقف المرجعية في تلك الفترة من أبرز الأمثلة على دور الدين في السياسة، حيث ساهمت في توعية الجماهير وتحفيزهم على النضال ضد الاستبداد. إذ أثبتت أن للمرجعية تأثيرًا كبيرًا في تشكيل الوعي الوطني وتعزيز الهوية الثقافية والدينية للعراقيين في مواجهة التحديات.