نجحت بعض العناصر العسكرية في الجيش في تنفيذ انقلاب عسكري يوم 8 شباط 1963م، وشكلت مجلساً لقيادة البلاد كان معظم أعضائه من البعثيين. واضطر عبد الكريم قاسم إلى الاستسلام بعد أن يئس من تنظيم المقاومة، فُأعدم في دار الإذاعة يوم التاسع من شباط. وعندئذ بدأت مرحلة تاريخية جديدة في تاريخ العراق، اتسمت بالعنف الدموي والإرهابي الأسود، حينما شن البعثيون حملة من التنكيل الوحشي ضد خصومهم، طالت في البداية الشيوعيين فحسب، ثم تحولت إل كل المناصرين للحزب الشيوعي والمتعاطفين معه، واستغل البعثيون الأجواء المشحونة لتصفية حساباتهم مع خصومهم ومعارضيهم من غير الشيوعيين أيضاً، فشنوا حملة انتقامية، أخذوا خلالها الكثير من الناس على التهمة، ومارسوا ضدهم مختلف أساليب التعذيب النفسي والجسدي.

ذكرت بعض المصادر التاريخية أن المرجعية الدينية أسهمت بشكل أو بآخر في إسقاط الحكم السابق، سواء عبر الفتاوى التي استهدفت مناصريه، أو باتباع أسلوب التحريض أو المقاطعة وعدم استقبال ممثليه من السلطة، لكنها في الوقت نفسه اتخذت في البداية موقف الحذر والترقب تجاه الحكم الجديد، فحينما طلب من المرجع الأعلى السيد محسن الحكيم إرسال برقية تأييد إلى حكومة الانقلاب، رفق ولم يوافق، معلناً أن أفكار هؤلاء الساسة وممارساتهم تختلف كلياً عما أرادته المرجعية من العهد الجديد.

ويبدو أن عمليات الانتقام وحمام الدم الذي قام به البعثيون عن طريق فصيلهم المسلح (الحرس القومي)، قد أثار حفيظة المرجعية وسخطها، فقد أخذ منتسبو ذلك الفصيل المتهور بتعقب الناس، والعبث بحرماتهم وحريتهم، وحدثت ويلات وتجاوزات.

والأكثر فظاظة من ذلك أن البعثيين قاموا بتوظيف فتاوى المرجعية لصالحهم وللتغطية على حملتهم القمعية، فحينما أصدروا بياناً دعوا فيه إلى "إبادة الشيوعيين" قاموا بنسخ تلك الفتاوى السابقة ضد الشيوعية وعلقوها في الشوارع ونشروها على شاشات التلفاز.

وصرح السيد محمد بحر العلوم أحد معتمدي المرجع الأعلى معترفاً بالقول: "بأن المرجعية انتصرت على قاسم، ولكن ......      يتبع